高效毛细管电泳（HPLC）亦即毛细管电泳（ＣＥ），是一种发展迅猛的新型的分离分析技术，与常用的高效液相色谱法（HPLC）相比，具有分析时间短，分离效率高，适应性广，检测限低，进样量小，溶剂消耗少，自动化程度高等优点，近十多年来已广泛应用于蛋白质、氨基酸、无机离子、有机化合物、药物的分离分析，在生物医药学领域倍受青睐。
与传统的电泳相比，毛细管电泳主要特点有四个：一是高效，二是快速，三是微量，四是可以自动化。在毛细管区带电泳中，柱效一般为每米几十万理论板数，高的可达每米100万以上，而在凝胶电泳中这一指标竟能达到几百万甚至上千万，通常的分析时间不超过30min，在采用电流检测器，毛细管电泳的最低检测极限可达10-19，即使是一般的紫外检测器，大体也在10-13-10-15mol之间，因此样品用量仅为纳升而已，商品仪器的操作已可全部自动化。
毛细管电泳和高效液相色谱（HPCE）一样，同是液相分离技术，因此在很大程度上HPCE与HPLC可以互为补充，但是无论从效率、速度、样品用量和成本来说，毛细管电泳都显示了一定的优势。与HPLC相比，毛细管电泳的柱效更高一些，速度更快一些，同时，它几乎不消耗溶剂，而样品用量仅为HPLC几百分之一。HPCE没有泵输运系统，因此成本相对要低，通过改变操作模式和缓冲液的成分，毛细管电泳有很大的选择性，可以根据不同的分子性质（如大小，电荷数，手征性，疏水性等）对极广泛的对象进行有效的分离。相比之下，为达到类似目的，HPLC要消耗许多价格昂贵的柱子和溶剂。