中国海域纵跨3个温度带(暖温带、亚热带和热带)，具有海岸滩涂生态系统和河口、湿地、海岛、红树林、珊瑚礁、上升流及大洋等各种生态系统。中国海洋生物物种、生态类型和群落结构表现为丰富的多样性特性。

　　加强海洋自然保护区建设是保护海洋生物多样性和防止海洋生态环境全面恶化的最有效途径之一。海洋和海岸保护区通过控制干扰和物理破坏活动，有助于维持生态系的生产力，保护重要的生态过程。海洋保护区的主要作用是保护遗传资源。为了海洋物种和生态系能够持续利用，必须既保护生态过程，又保护遗传资源。

　　国务委员宋健1988年6月28日给国家海洋局严宏漠局长的信中指出，“建议海洋局的同志研究一下中国18000km海岸线上有否必要建立几个保护区?”，“海洋必须开发。但是，如果一点原始资源都不保护，结果可能全部破坏，后代就什么大自然也看不到了。”

　　1988年7月，中国确立了综合管理与分类型管理相结合的新的自然保护区管理体制。规定“林业部、农业部、地矿部、水利部、国家海洋局负责管理各有关类型的自然保护区”；11月份，国务院又确定了国家海洋局选划和管理海洋自然保护区的职责。1989年初，沿海地方海洋管理部门及有关单位，在国家海洋局统一组织下，进行调研、选点和建区论证工作，选划了昌黎黄金海岸、山口红树林生态、大洲岛海洋生态、三亚珊瑚礁、南麂列岛等五处海洋自然保护区，1990年9月国务院批准为国家级海洋自然保护区。1991年10月国务院又批准了天津古海岸与湿地、福建晋江深沪湾古森林两个海洋自然保护区。在这期间，一批地方级海洋自然保护区相继由地方海洋管理部门完成选划并经国家海洋局和地方政府批准建立。