传统农业生物通过染色体重组所发生的基因交换基本上仍然是按生物自身许可的规律进行，而基因工程作物或动物则是“移植”了人工设计和装配的与某些特定性状有关的基因，使它们能在相对短得多的时间内获得预期的新性状。

　　对基因工程生物来讲，有一点也非常特别，就是给它们所“移植”的基因可以来自任何生物，完全打破了物种原有的屏障，“移植”是“强制性”的，这个过程在自然状态下是极少可能发生或者根本不可能发生的！在自然状态下，西红柿绝对不会有鱼类的基因，玉米也绝对不会有萤火虫的基因。

　　从生物安全性这一角度分析，基因工程生物与传统杂交生物两者是不能划等号的，而过去对基因工程食物所提出的“实质等同性”评价原则是不全面的。

　　基因工程作物中的转基因能通过花粉风扬或虫媒所进行的有性生殖过程扩散到其他同类作物已是不争的事实。这是一种遗传学上称为基因漂散过程。而这种人工组合的基因通过转基因作物或家养动物扩散到其他栽培作物或自然野生物种并成为后者基因的一部分，在环境生物学上则称为基因污染。其次，传统作物被转基因作物污染，从种植到成品，几乎每一个环节都有可能发生。在田间发生杂交是原始的污染，第二次污染则发生在没有清理干净的仓库和运输环节，致使传统作物的种子混杂有基因工程作物的种子。

　　从美国的“星联玉米事件”，加拿大的“转基因油菜超级杂草”，到墨西哥的“玉米基因污染事件”，越来越多的事实表明“基因污染”的威胁不容忽视。专家担心，类似墨西哥“玉米妈妈”的遭遇可能正在中国大豆身上发生。一些国外公司可能钻中国立法不完善、管理不统一的空子，将中国作为“转基因生物的试验场”。呼吁更多的人共同来关注“基因污染”这个问题，为中国的生物安全打好预防针。