按:现在有很多常用的分子生物学软件,但对于初学者,尤其是不太擅长计算机者,使用起来有相当难度。琢磨说明书,或者自己一点点试验,难免觉得头绪纷繁,乃至兴味索然。后来我发现,其实用一个实例,从头到尾示范一遍,可以在几分钟内直观地学会这个软件的基本使用方法。其他的一些情况就可以自己去摸索了,这样学起来很快。因此我打算做一个常用分子生物学软件STEP BY STEP的系列。这个想法在心里很久了,但是一直没有时间付诸实践,的确是因为没有较为空闲的时间。今天就从BandScan这个软件开始。由于不是很熟悉制作过程,奋战一整天,终于完成了第一个实例学习。
6.从凝胶图左上角按住鼠标左键划到右下角,松开鼠标,划出的长方形框包扩了整个待分析的范围。这时,命令框内均变成黑色的(可以操作)。上面那个undo rect可以取消选框,下面的image options可以选择是否和如何旋转图像。本例中均不改动,直接单击accept selected region。 7.出现color to signal selections复选框。这个是选择信号检测方式,直接用默认的original image,或选择gray scale(灰阶)。本例中不改动,单击use current image。
8.出现如下分析框。它是自动转换成灰阶的。其左上角的数字是鼠标所在的坐标和灰度值。移动鼠标就可以看到它的变化。 9.现在让BandScan来分析一下电泳条带吧:)打开工具栏上的band finding/find bands,出现一个让你选择有几条泳道的框selecting number of lanes,我们设置成3道。
10.看,每一个条带都自动被框起来了:)红色+记号是条带的中心位置,兰色竖线是泳道位置。同时出现了一个复选框select more or select few bands。可以根据总灰度、最大灰度和大小为标准来自动选择蛋白条带。拉动左边的滚动条,可以增加或减少条带的数量。选好后单击ok。 11.现在就可以看看蛋白的表达量了。打开window/band table。出现了一个band location的表格。把它最大化,放到右边。这里的数据是每个条带的中心位置(红色+的位置)。