核酸序列的一般分析流程

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核酸序列的一般分析流程

来源：互联网作者：未知发布时间：2006-09-11

核酸序列的检索
http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide

核酸序列的同源性分析

基于NCBI/Blast软件的核酸序列同源性分析
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi

核酸序列的两两比较
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/bl2.html

核酸序列的批量联网同源性分析(方案)

核酸序列的电子延伸
利用UniGene数据库进行电子延伸(方案)
利用Tigem的EST Machine进行电子延伸
EST Extractor: http://gcg.tigem.it/blastextract/estextract.html
EST Assembly: http://www.tigem/ESTmachine.html
利用THC数据库对核酸序列进行电子延伸
http://gcg.tigem.it/UNIBLAST/uniblast.html

核酸序列的开放阅读框架分析
基于NCBI/ORF finder的ORF分析
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html

基因的电子表达谱分析
利用UniGene数据库进行电子表达谱分析（方案）
利用Tigem的电子原位杂交服务器进行电子表达谱分析
http://gcg.tigem.it/INSITU/insitublast.html

核酸序列的电子基因定位分析
利用STS数据库进行电子基因定位
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/epcr.cgi
利用UniGene数据库进行电子基因定位（方案）

cDNA的基因组序列分析
通过从NCBI查询部分基因组数据库进行基因组序列的分析(方案)
通过从NCBI查询全部基因组数据库进行基因组序列的分析
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/page.cgi?F=HsBlast.html&&ORG=Hs
通过从Sanger Centre查询基因组数据库进行基因组序列的分析
http://www.sanger.ac.uk/HGP/blast_server.shtml

基因组序列的初步分析
基因组序列的内含子/外显子分析
http://www.bioscience.org/urllists/genefind.htm
基因组序列的启动子分析
http://www-hgc.lbl.gov/projects/promoter.html

核酸序列的注册
EST序列的注册(方案)
较长或全长cDNA序列的注册(方案)
待分析序列所对应的已知克隆的获取
http://image.llnl.gov

附:
(1) 如果是模式生物，包括人类，先用blast找出EST，然后拼出全长cDNA。
(2) 用cDNA去blast出来genomic DNA，然后用SIM4或者Spidey分析出exons, introns，也就是这个基因的结构.
(3) 用cDNA翻译出来的蛋白质作domain search，最好的地方是NCBI的CDD
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml
(4) 对于蛋白，可以做各种各样的下游分析了。

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