进化遗传学具有两个并列的研究方向：系统发育的重建和种群分析。自1962年， Zuckerkandl和Pauling提出蛋白质序列和基因序列的比较可以象分子种一样用于标志 现存物种分化的时间以来，各种生化方法被用于系统发育的研究。在最初二十年内， 同功酶的电泳分析、免疫学比较和蛋白质序列分析被广泛地应用。而最近，DNA-DNA 杂交和核糖体RNA序列分析为分类学做出了重要贡献。这些技术大多有局限性，因为 它们是估计而不是直接测量序列的差别。

　　那些把注意力集中在同功酶的分析及细胞核和细胞器DNAs限制图谱分析上的种群 生物不需要具有更高分辩率的方法。直到如今，要获得比几个典型生物更多的序列数 据都是不现实的。在筛选克隆文库、制作克隆子的图谱及测序上所需的努力过大，以 至对特定物种进行更多的个体检测是不可能的。聚合酶链瓜在克服了用于进化研究的 传统DNA分析法的局限性。

通用引物

　　初看，对序列了解得不够好象限制了PCR的应用，因为对序列的某些了解是设计 PCR引物所必需的。幸好，有一种获得新物种引物序列的快速方法。通过选择广泛保 留在不同物种中的序列，可设计出通用引物，用于扩增一个特定细胞核或细胞器的基 因片段，此基因片段可取自一个较大类群的绝大多数成员，如：植物或真菌。这就把 系统发育的序列比较分析范围扩展到了纲或门的分类水平上。而且此法对鉴定标本和 划分生物类型在种群中的位置起重要作用。基于这些目的，线粒体DNA（mtDNA）序列 较适用。下面，我们详述对于细胞核及线粒体序列均适用的通用引物。线粒体基因法 是一个精确的检测方法；因为mtDNA进化非常快，设计此分子的引物会发生困难。

核基因引物