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一般注意事项：
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Trizol试剂含有苯酚，具有毒性和刺激性，注意操作。如皮肤接触Trizol，请立即用大量去垢剂和水冲洗，如仍有不适，请听取医生意见。
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RNase污染的主要来源是操作过程中手和空气中的浮沉，注意随时勤换手套，样品尽可能盖严；尽量不要对着RNA样品呼气或说话。用0.01%的DEPC水浸泡过夜，然后灭菌，烘干。溶液需用DEPC水配制。加0.01%(体积比) diethyl- pyrocarbonate（DEPC）至重或MiliQ级水中，处理过夜，灭菌即成DEPC水。
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细胞裂解必需充分且操作迅速。裂解不完全会降低最后得率，因为一部分RNA会残留在未裂解的细胞中。细胞裂解之后要看不见颗粒状物质（结缔组织和骨除外）。在清洗和裂解细胞时最好在低温下操作，防止在操作过程中释放的内源RNase降解了RNA。
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酵母和一些细菌由于细胞壁的特殊结构，可以加入TRNzol试剂同时加入无RNase的玻璃珠并剧烈振荡，使细胞裂解充分。
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TRNzol试剂也适合于样品和组织裂解液的贮存，这尤其适合于同时处理样品较多或操作较为费时时。
一：低得率
A：样品裂解或匀浆处理不彻底；匀浆不完全时，基因组DNA分子仍然很大，溶液粘稠。变性的蛋白质和基因组DNA一起形成絮状凝集物容易包裹RNA，使之不能有效地释放到溶液中。
B：沉淀不完全：从小于≤2×105动物细胞、≤2 mg动物组织或RNA含量低的样品中提取RNA时，匀浆体积太大，将造成RNA过分稀释而不能有效地沉淀下来。当从这样的样品中提取RNA时，应按比例减少抽提溶液，异丙醇沉淀后延长冰浴和离心时间，具体实验参数见相应操作步骤。加入少量糖原可提高RNA产量又不影响RT-PCR。
C：最后得到的RNA沉淀未完全溶解
二：A260/A280<1.65
A．检测吸光度时，RNA样品不是溶于TE，而是溶于水。低离子浓度和低pH条件下，A280值会较高。
B．样品匀浆时加的试剂量太少。
C．匀浆后样品未在室温放置5分钟。
D．水相中混有有机相。
E．最后得到的RNA沉淀未完全溶解。
三：RNA降解
A．组织取出后没有马上处理或冷冻；细胞生长过度
B．样品或提取的RNA沉淀保存于-5－-20℃，未在-60－-70℃保存。
C．细胞在胰酶处理时被破坏或匀浆中组织或细胞成分未完全分散，样品中RNA酶未完全灭活。。
D．溶液或离心管未经RNase去除处理。Tip头、离心管、贮存管受RNA酶污染。
E．电泳时使用的甲酰氨pH低于3.5
F．样品存放时间太长，裂解液中b-ME不足；
四：DNA污染
A：操作不规范
B．样品中含有组织溶剂（如乙醇，DMSO等），强缓冲液或碱性
溶液。
C．样品匀浆时加的试剂体积太少或样品量太多，污染有机物和中
间相。
D：在转录特别活跃的细胞破碎过程中，由于某种原因一部分mRNA与DNA、蛋白质形成了聚合体的形式.Trizol不能分离这种聚合体，从而造成了在所提取的RNA中有少量基因组DNA的污染.在这种情况下可以用无RNAse的DNAse处理，Trizol再次抽提或蛋白酶K消化后再用酸性苯酚抽提。
五：蛋白和多糖污染
离心去上清后得到的RNA沉淀经以下操作应可去除这些污染：在上一步中，每使用1ml Trizol，在水相中加0.25ml异丙醇和0.25ml高盐溶液（0.8M柠檬酸钠和1.2 NaCl）。混合，离心，然后按照操作进行。这种方法可使蛋白多糖和多糖留在溶液中，而高效沉淀出纯RNA。从植物中提取RNA时，应在匀浆后离心，并加上以上操作步骤。
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