银染方法是一种重要的染色方法，由于其成本低，所用试剂安全、快速、灵敏度高而被广泛应用。在本研究中，作者发现染色结果影响最大的为硝酸银染色步骤，硝酸银染色时间过短，会造成显色时胶的背景过深。研究结果表明，当染色时间超过30 min时，表现为胶的背景较浅，条带清晰、易于辨认；而洗脱步骤也较大的影响检测效果，最好使用去离子水，防止自来水中的cl-等离子干扰银染结果；另外，每做完一步都要用蒸馏水洗脱2~3次，特别是染色步骤后一定要将银离子洗净，否则会造成染色背景深与条带较浅的后果。此外，丙烯酰胺凝胶过厚与染色时较高的水温等也会造成胶的背景过深。

本人是做SSR分析的，现在也把SSR凝胶电泳条带判读与各位大侠交流交流。
SSR检测其多态性通常是PCR产物在变性后通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳来检测。在变性的聚丙烯酰胺凝胶上电泳8~10 h后（研究中没有用测序胶，而是用小的垂直板），我们可以看到双链DNA电泳时速度比单链DNA速度快（这可能是由于没有用测序胶，跑电泳时电压太小，无法保证玻璃板一直处于较高的温度，而使部分单链复性的缘故），在胶的较下位置（接近胶底部）。在条带的判读时，我们看单链的差异，可以忽略双链带的干扰。
当前，对微卫星等位基因的鉴别是通过测定包含微卫星的PCR扩增产物片段大小来进行的。微卫星为共显性遗传，在二倍体中应只产物一条（纯合）或两条（杂合）带，同时本研究材料为二倍体，每个材料在检测时应只产生一条或两条带，然而，在实际检测过程中，发现一些微卫星位点会出现一系列谱带（赝带）的情况，而且赝带（shutter bands）通常比主带弱，分子量比主带小。这种现象与许多学者的研究一致（Brian, 1997; Hoelzel, 1998; Hayden, 2001a ,2001b; Rodriguez, 2002; Vitor, 2003）。究其原因，Hoelzel等（1998）指出，这种现象可能是在PCR扩增过程中，DNA滑动引起的，赝带的强弱反应了DNA滑动的概率大小，偏离主带越大的片段越弱，这种概率也越小。这种DNA滑动的概率随着重复序列的变大而变小，在二核苷酸重复序列种出现的频率要比在三核苷酸或四核苷酸重复序列中出现的大。除了赝带外，在胶上还会出现一种分子量比主带大并可能对条带判读造成干扰的带型。这种带型可能是由于在PCR扩增过程中，Taq酶的末端转移酶活性将A加到PCR扩增产物上所造成的。然而Taq酶的这种末端转移酶活性依赖于聚合酶与引物。Hoelzel等（1998）还指出，当今，只有对主带和所有的赝带（shutter bands）都判读时，实验结果才可靠。近年来，有很多研究报道通过测序仪的毛细管电泳结合荧光标记来开展微卫星研究，测序仪的DNA片段分析功能（Genescan）可以对微卫星的PCR产物进行精确的分析，可以免受在聚丙烯酰胺凝胶电泳分析过程中出现的种种不利因素的干扰，得到最忠实的实验结果。

    对于丙烯酰胺凝胶银染补充一点经验：1，倒胶时为防胶的漏出，可在凝胶板底部的橡胶垫下垫起一些，以拧紧两边旋钮，使凝胶板底与橡胶垫紧贴，如此几乎不会漏胶 2，染色后水洗时间切记不能太长，一般每次不宜超过30s（我是用去离子水洗3次），否则，dna就洗掉了，染出来颜色背景是黑的，dna处则为白色 3，装胶时，要小心操作，莫凝胶板内的胶受离不均，内部拉伸或紧缩，这样跑出来带形会倾斜 4，点样应迅速操作，不可耽搁太久，否则，样品会流失
我做pcr采用的是touch-down pcr，这样避免各个引物都要调pcr反应参数，取得了显著效果
以上都是些本人个人经验之谈，大家批评指正！！