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分子生物学免费软件与Internet |
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来源：互联网 作者：未知 发布时间：2006-08-20
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2.4 安装和使用
通常，免费软件含有安装说明，但并不总是很详细，或不能涉及软件运行时涉及的所有问题。软件的特殊安装一般只有商业软件才会有，一般而言免费软件是不需要特殊安装的。对于部分特殊软件，特别是用Java或Perl语言写的软件，常会要求您还要安装其它免费的常用软件后才能使用，因此，一定要首先详细地阅读免费软件的安装说明。
2.5 多平台软件
以1998年的统计而言，在当年访问IUBio及其它生物网络服务器的INTERNET浏览器中，30-50%的生物学家使用Mac计算机，40-70%使用Wintel系统（Microsoft和Intel的联合），少于10%使用XWindows系统作为工作平台。生物科学家对计算机系统及软件的保持不同，根据软件的运行环境，许多已经使用或将要使用多平台操作系统。在今后，有可能Mac上运行MS Windows软件运行，而在Wintel系统运行一些Mac OS程序。
近年出现的Java语言使得开发跨平台的多种操作系统的软件成为可能，从而使一应用软件可在任何一台计算机上被任何需要它的人所使用，这无疑是软件应用的一种理想境界。诞生于Sun Microsystems （http://www.javasoft.com）的Java开发系统虽然与C++、C语言及其它语言所开发的程序相比，Java软件的运行速度还比较慢，但有望开发出多平台操作系统中运行流畅的应用软件。在今后，将会有许多用Java语言开发的生物科学软件，例如来自于Licor的序列分析软件包（http://www.licor.com）。
2.6 客户端服务器软件
许多生命科学软件开发者的观念是将用户界面从分析应用程序中分离出来，从而增强应用程序的易用性。这一观念构成了软件客户端服务器软件的理论基础，如目前可以进行多种数据分析的网页界面的应用程序（如SeqPup）。
SeqPup功能及原理如下：它充许用户使用任何自己需要的分析软件，如Clustal、 CAP、 tacg、 fastDNAml或别的软件，在客户端计算机或服务器计算机上运行。SeqPup提供了序列编辑、多序列比较、序列输入输出选项等功能。并可配置如上所述分析软件。这些分析应用程序通常没有命令行选项，但可对复杂的数据进行编辑和分析。有了如SeqPup的客户端应用程序后，使用这些软件就比较简单，并可按照自己的方法组织和管理自己的数据。
由Peter Rice开发的一套免费分子生物学分析应用软件EMBOSS（http://www.sanger.ac.uk/Software/EMBOSS/）将运行于UNIX服务器计算机，有命令行界面。EMBOSS 将包括多种序列分析项目，而且力求提供与其它公众域（Public Domain，用户可以免费获得公众域的服务或文件）软件包集成的简便性。分析功能包括快速的数据库序列搜索、小片段基因组密码子作用分析、微生物基因序列识别、多序列的快速鉴别、蛋白基序识别、发表论文的出版工具等。
三.优秀免费软件举例
3.1 Clustal：多序列比较（sequence alignment）
Clustal 是一类多序列比较软件，目前最新版本叫Clustal W，可以应用于MacOS、 Wintel、 UNIX和VMS计算机。对多个核酸或蛋白序列的比较目前是分子生物学中一类很有用的分析工具，可用于寻找特征化蛋白家族的诊断模式、预测新序列的二级/三级结构、设计PCR引物，以及分析分子演变进程。Clustal可在EBI和IUBio的档案库ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW中下载。此软件的商业版本称之为ClustalX，它提供了一种图形界面，但功能相似。
3.2 Entrez：基因组序列搜索引擎及MEDLINE检索工具
Entrez 是可通过关键字搜索基因序列和检索MEDLINE文献的多平台操作系统软件，由美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）的成员开发，可以从http://ncbi.nlm.nih.gov/或ftp://ncbi.nlm.nih.gov/下载。Entrez的优点之一就是它包含了对MEDLINE的查询，从而可以检索向序列数据库递交的文献摘要。NCBI的万维网（WWW）服务还提供了可以通过用户网页浏览器进行搜索的另一类型的Entrez。NCBI开发的Entrez应用程序源代码为其它生物科学应用程序提供了一个软件框架，如SeqPup、Clustal-X等。
3.3 NIH Image：图像分析
NIH Image是由Wayne Rasband编写的Mac图像分析应用程序，可对图像面积、平均密度、重心及用户定义的多边形区域的分析，自动进行点的分析、测定路径长度和角度。该软件可在ftp://zippy.nimh.nih.gov/pub/nih-image/、 http://rsb.info.nih.gov/nih-image/处下载。目前，已提供了针对MS Windows的新版本，可从http://www.scioncorp.com/处下载。
3.4 PHYLIP：系统发生分析
PHYLIP是由Joseph Felsenstein开发的多平台操作系统常用系统发生推论软件（Phylogeny Inference Package），具有DNA和蛋白序列分析、限制性酶切位点分析、距离矩阵和基因频率、进化树绘制，可以通过许多选项精确控制分析过程。PHYLIP的下载网址为http://evolution.genetics.washington.edu/或ftp://evolution.genetics.washington.edu/。
3.5 RasMol：分子模型浏览
RasMol 是一类可以浏览蛋白、核酸和小分子物质的多平台操作系统常用分子图形观察器。此类软件的目的是显示、教学和制作出版质量的图像。RasMol以交互式界面、多种颜色和外形显示分子，并可对分子外框架线条的颜色与粗细、分子空间填充物球形、棒状、实心或空心等进行选择。RasMol下载的主站点是ftp://ftp.dcs.ed.ac.uk/pub/rasmol/。
3.6 SeqPup：序列编辑
SeqPup是由Don Gilbert用Java语言开发的多平台操作系统序列编辑和分析软件，其前身称SeqApp，其优势在于可外挂网络服务器及其它序列分析应用程序，如ClustalW、CAP、tacg、fastDNAml及其它相应软件，功能包括多序列的比较和单序列的编辑、读写多种序列文件格式、序列特征编辑等，可在ftp://iubio.bio.indiana.edu/molbio/seqpup/下载。
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